Yang dijadikan dasar oleh pondok pesantren Kedunglo sebagai lembaga pendidikan islam sama seperti pondok-pondok lain, yaitu melaksanakan tugas penyiaran dan pembinaan ajaran islam serta mengembangkannya serta mewarnai masyarakat dengan warna yang islami. Artinya bahwa pondok pesantren membina akhlak, tingkah laku dan perbuatan yang dilaksanakan masyarakat berdasarkan pada ajaran islam sehingga terciptalah masyarakat yang yang islami.

Pondok pesantren merupakan suatu lembaga pendidikan umat dan pengembangan agama islam. Dengan memperhatikan masyarakat Indonesia dewasa ini, maka santri pondok pesantren Kedunglo diharapkan dapat dan mampu :

  1. Memiliki wawasan keagamaan yang luas serta pandangan yang kritis terhadap jalannya pembangunan baik mental maupun spiritual.
  2. Mampu mengkontekstualisasikan ajaran islam kepada umat masyarakat.
  3. Menciptakaan struktur kemasyarakatan yang lebih profesional dan madani melalui ajaran islam.

Konsep madani bagi orang arab mengacu pada hal-hal yang ideal, yakni mengacu pada kehidupan Rasul pada periode Madinah dengan pesona keberhasilan Rasul membangun dan membina masyarakat yang plural, demokratis, damai, saling menghormati dengan landasan hukum hak dan tanggung jawab bersama. Kata madani juga ideal dalam kontek sosiologis dunia Arab, dimana kota selalu menjanjikan peradaban yang lebih makmur.

Tindakan-tindakan sebagaimana tersebut diatas akan menjadi kepribadian yang khas dari pondok pesantren Kedunglo. Hal ini bisa dirasakan dari usaha pembinaan santri dalam pembiasaan dan pengertian yang nantinya akan menghasilkan kader-kader yang militan untuk ikut serta membangun umat masyarakat secara kaffah.